Em termos orgânicos, a Unidade Local de Saúde do Nordeste é liderada por um Conselho de Administração, tendo como órgãos de apoio direto, o Serviço de Auditoria Interna, o Conselho Consultivo, as Comissões Técnicas e o Conselho Fiscal.
Dependentes hierarquicamente do Conselho de Administração existem Departamentos, compostos por Serviços e Unidades, agrupados em 8 grandes áreas, designadamente:
A área dos Cuidados de Saúde Primários integra o Departamento de Cuidados de Saúde Primários, que por sua vez integra os 14 Centros de Saúde da ULS do Nordeste, designadamente:
Todos os Centros de Saúde incluem uma Unidade de Cuidados de Saúde Personalizados e uma Unidade de Cuidados na Comunidade, com exceção dos Centros de Saúde de Bragança Sé, Freixo de Espada à Cinta, Mirandela II e Torre de Moncorvo nos quais não existe Unidade de Cuidados na Comunidade. Por sua vez, o Centro de Saúde de Bragança Santa Maria inclui, para além da Unidade de Cuidados na Comunidade, duas Unidades de Cuidados de Saúde Personalizados.
A área dos Cuidados Hospitalares integra o Departamento de Cirurgia, o Departamento de Medicina, o Departamento da Mulher e da Criança, o Departamento de Saúde Mental, o Departamento de MCDT’s e ainda o Serviço de Consulta Externa e o Hospital de Dia. O Departamento de Cirurgia inclui os Serviços de Anestesiologia, Cirurgia Geral, Estomatologia, Oftalmologia, ORL, Ortopedia, Urologia, Bloco Operatório, Cirurgia de Ambulatório, Consulta Externa e Hospital de Dia. O Departamento de Medicina inclui os Serviços de Cardiologia, Medicina Interna, Medicina Física e Reabilitação, Nefrologia, Neurologia, e as Unidades de AVC, Gastrenterologia, Pneumologia e Oncologia Médica. O Departamento da Mulher e da Criança inclui os Serviços de Ginecologia e Obstetrícia e de Pediatria e Neonatologia. O Departamento de Saúde Mental inclui o Serviço de Psiquiatria, e as Unidades de Pedopsiquiatria, Psicologia Clínica e do Doente de Evolução Prolongada. O Departamento de MCDT’s inclui os Serviços de Imagiologia, Patologia Clínica e Medicina Transfusional.
A área de Urgência, Emergência, Cuidados Intensivos integra o Departamento de Urgência, Emergência, Cuidados Intensivos, que por sua vez integra o Serviço de Urgência Médico-Cirúrgica, o Serviço de Urgência Básica e o Serviço de Medicina Intensiva.
A área de Cuidados Integrados integra o Departamento de Cuidados Integrados, que por sua vez integra as Unidades de Gestão Integrada da Diabetes, da DPOC, da Doença Renal Crónica, da Doença Cerebrocardiovascular, da Saúde Materna, Infantil e Adolescência.
A área de Cuidados Continuados e Paliativos integra o Departamento de Cuidados Continuados e Paliativos, que por sua vez integra a Unidade de Paliativos, a Unidade Domiciliária de Cuidados Paliativos, a Unidade de Convalescença, a Equipa de Gestão de Altas, a Equipa de Cuidados Continuados Integrados, a Equipa Intra-hospitalar de Suporte a Cuidados Paliativos e a Equipa Coordenadora Local.
A área de Saúde Pública inclui a Unidade de Saúde Pública.
A área de Apoio Clínico e Técnico inclui os Serviços de Apoio Social, de Assistência Espiritual e Religiosa, de Esterilização, Farmacêuticos, Nutrição e Alimentação, Internato Médico dos Cuidados de Saúde Primários e dos Cuidados de Saúde Hospitalares e a Unidade de Codificação Clínica.
A área de Apoio à Gestão e Logística inclui os Serviços de Apoio Geral e Transportes, Compras e Logística, Contabilidade e Gestão Financeira, Formação e Desenvolvimento, Gestão de Utentes, Informática e Comunicações, Instalações e Equipamentos, Recursos Humanos e de Saúde e Risco Ocupacional, e os Gabinetes de Apoio ao Conselho, do Cidadão, de Comunicação e Imagem, Jurídico e Contencioso, de Planeamento e Controlo e de Qualidade.